Složky mateřského mléka ovlivňují počty a aktivitu imunitních buněk dítěte.
Mnohé léky pronikají do mateřského mléka a mohou tak ovlivnit i kojené dítě. Tyto případy jsou však vzácné.
Psychický stav matky, může mít negativní vliv na kojené dítě a to jak přímý, tak skrze změny v mateřském mléce.
Opakovaný císařský řez může u druhorozených dětí zvyšovat riziko vzniku některých onemocnění.
Typ stravy u dětí může změnit nejen mikrobiom, ale také virom.
Riziko atopické dermatitidy u dětí může zvýšit mnoho faktorů, včetně krátké doby kojení či nekojení.
Mateřské mléko obsahuje hojivé látky, které podporují hojení kožních defektů u novorozenců.
Studie prokazují, že mateřské mléko má protiinfekční účinky. Jeho oligosacharidy mohou chránit i před infekcí HIV.
Dle mnoha studií může kojení fungovat i jako prevence vzniku potravinových alergií.
Pití alkoholi během těhotentství může mít negativní dopad na vyvíjející se plod, ale následně i na vývoj po porodu. Může totiž dojít ke změnám ve složení střevní mikrobioty dítěte.